Договор простого товарищества: налог на прибыль

     Из вопроса неясно, какой именно договор заключен между указанными организациями.
    1) Если три компании – А, В и С выступают  в качестве заказчиков, заключив договор с компанией D как с исполнителем, то в договоре должно быть закреплено, какие расходы несет каждая из компаний-заказчиков. В таком случае по окончании проведения испытаний и получения результата о них от компании D, нужно составить акт и подписать его всеми заказчиками. На его основании вы сможете учесть расходы в налоговом учете:
(или) как расходы на НИОКР – они могут единовременно уменьшить базу по налогу на прибыль <п.4 ст.262 НК РФ>. Причем даже если результаты исследований будут отрицательны;
(или) в качестве амортизации нематериального актива - если в результате исследований заказчики получат исключительные права на результаты интеллектуальной деятельности <п.3 ст.257 НК РФ>;
(или) в качестве расходов на освоение нового производства <подп.34 п.1 ст.264 НК РФ>.
Вид расходов зависит от особенностей исследований и вашей деятельности.

   2) Если же у вас договор о совместной деятельности и три организации А, В и С объединены в простое товарищество (п. 1 ст. 1041 ГК РФ), ситуация другая. Такое товарищество не признается налогоплательщиком и не подлежит постановке на налоговый учет (абз. 2 п. 2 ст. 11, ст. ст. 19, 83 НК РФ). Однако для товарищества обязателен отдельный налоговый учет хозяйственных операций, имущества, доходов и расходов по совместной деятельности (по правилам общего режима налогообложения). Такой учет организует один из товарищей, которому поручается вести все общие дела товарищества.
Сумма (стоимость) вклада каждого участника совместной деятельности не учитывается им для целей налогообложения прибыли ни в составе расходов при учреждении товарищества, ни (в пределах первоначального взноса) в составе доходов при прекращении товарищества (п.3 ст.270, пп.5 п.1 ст.251 НК РФ).
У товарищества стоимость вкладов участников товарищества не признается доходом по совместной деятельности <п.1 ст.278 НК РФ>. Денежная оценка вкладов производится по соглашению между товарищами. Если иное не следует из договора, то вклады предполагаются равными по стоимости (п. 2 ст. 1042 ГК РФ).
Внесенное товарищами имущество, принадлежавшее им на праве собственности, а также произведенная в результате совместной деятельности продукция (плоды) и полученные доходы являются общей долевой собственностью товарищей (абз. 1 п. 1 ст. 1043 ГК РФ).
В рамках товарищества лишь определяется финансовый результат от совместной деятельности (прибыль или убыток), который затем распределяется между товарищами. При этом:
(и) прибыль, полученная в рамках товарищества, распределяется пропорционально стоимости вкладов, если иное не предусмотрено договором (ст. 1048 ГК РФ),
(и) убытки товарищества не распределяются между его участниками и при налогообложении прибыли ими не учитываются <п.4 ст.278 НК РФ>.
Если же вы не планируете получение выручки в рамках совместной деятельности, то у каждого из товарищей могут возникнут сложности с учетом расходов на проведенные исследования. Ведь результат исследований – это собственность товарищей. При прекращении договора простого товарищества между его участниками может быть разделено лишь имущество, находящееся в долевой собственности (абз. 3 п. 2 ст. 1050, п. 1 ст. 252 ГК РФ).  А расходы уже были учтены в рамках простого товарищества.